Usa bigdump:
http://www.ozerov.de/bigdump.php
Hay que configurarlo con lo típico: nombre de la base de datos, del fichero con el backup, usuario y password. También puedes indicarle las líneas a procesar cada vez, la pausa entre ejecuciones y hasta te puede adaptar la codificación del lenguaje al recuperar el backup. Esto último es especialmente útil cuando al recuperar un backup aparecen caracteres extraños en vez de acentos y eñes. Una maravilla...