Bueno, lo básico es:
Genera URLs amigables. Ej:
www.misite.com/url-de-mi-site en lugar de
www.misite.com?id=6
Separa los estilos css y javascript en archivos aparte.
Usa XHTML en lugar de HTML, para no tener tablas y código basura por doquier.
Usa adecuadamente las etiquetas h1, h2, etc