No sé si entendí bien, pero si lo que necesitás es ejecutar código javascript asignado desde un responseTetx al innerHTML de una capa, tenés primero que evaluar los scripts para que no se comporten como texto simple, que es lo que sucede si no hacés eso.
Por ahí hay un how to de cómo lograrlo. Otra manera es aplicar la siguiente función, al recibir el responseText:
Código PHP:
<script>
function SetContainerHTML(id_contenedor,responseText)
{
mydiv = document.getElementById(id_contenedor);
//reemplazando por code salvamos bug de Explorer 7
responseText=responseText.split('SCRIPT').join('code')
mydiv.innerHTML = responseText;
var elementos = mydiv.getElementsByTagName('code');
for(i=0;i<elementos.length;i++) {
var elemento = elementos[i];
nuevoScript = document.createElement('script');
nuevoScript.text = elemento.innerHTML;
nuevoScript.type = 'text/javascript';
if(elemento.src!=null && elemento.src.length>0)
{nuevoScript.src = elemento.src;}
elemento.parentNode.replaceChild(nuevoScript,elemento);
}
}
</script>