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Iniciado por WebTech 
AbdelioR,
Puedes perfectamente alojar muchos ficheros en un mismo directorio, igual, por un tema de organización quizás sería mejor para ti irlos separando en diferentes subcarpetas con categorías, como dije, por un tema de organización, pero a nivel técnico no deberías tener problemas, eso si, asegúrate de que tendrás suficiente disco duro.
Saludos,
perdon que me meta pero ahora mismo paso por un problema similar y a mi realmente lo que me preocupa son cuestiones tecnicas
hace mas lento el acceso un directorio con miles de archivos o es indiferente?