Google e includes

[Squizophrenia]

Como bien dice pateketrueke, googlebot solo lee html pero tienes que tener en cuenta que indexa las páginas que encuentra en el directorio raiz de tu sitio y demás carpetas, a menos que le indiques lo contrario mediante un robots.txt.
Quiero decir que si por ejemplo, tienes tu index.php o página de inicio con varios includes (sidebar, navigation, footer, etc...), quizás googlebot te indexe el index.php pero también te indexe otras páginas que no deberían (sidebar, footer, etc...).
Te recomiendo que uses un robots.txt para impedir el acceso de los robots al diferente contenido no-indexable.