Usa la Pantone Solid, de ahi lo que viene es escoger el tipo de colores a usar en el caso del duotono es importante usar colores que contrasten para que duotono no pierda profundidad.
Define que objetos de acuerdo al color y ese mismo documento puedes enviarlo a la imprenta de tal forma que al hacer ellos la separacion automatica el programa detecte los objetos por color.
En el panel de impresion debe detectarte algo por este estilo.
De tal forma que el proceso sea automatico, el duotono bien lo puedes hacer en pshop
http://gusgsm.com/duotonos_photoshop
Tanto en el duotono como en el archivo que los colores sean de la misma Paleta porque en caso contrario te tomara 3 colores.
Y algo con lo que puedes jugar es con los porcentajes el color, por mencionarlo si seleccionaras el Pantone Azul Reflex 100% para algunas cosas lo puedes bajar al 50% y aun asi la maquina detectara 2 colores.