podría quedar de ésta forma:
  
Código:
 public Table tableHTML()
    {
        Table tabla_retorno = new Table();
        tabla_retorno.BorderWidth = 1;
        
        TableHeaderRow headerRow = new TableHeaderRow();
        TableHeaderCell headerCell = new TableHeaderCell();
        headerCell.Text = "NOMBRE";
        headerRow.Cells.Add(headerCell);
        headerCell = new TableHeaderCell();
        headerCell.Text = "CÓDIGO";
        headerRow.Cells.Add(headerCell);
        headerCell = new TableHeaderCell();
        headerCell.Text = "MATERIA";
        headerRow.Cells.Add(headerCell);
        tabla_retorno.Rows.Add(headerRow);
        foreach (clsEstudiante est in this.estudiantes)
        {
            TableRow row = new TableRow();
            TextBox txt = new TextBox();
            txt.Enabled = false;
            txt.Text = est.nombreProp;
            TableCell tc = new TableCell();
            tc.Controls.Add(txt);
            row.Cells.Add(tc);
            txt = new TextBox();
            txt.Enabled = false;
            txt.Text = est.codigoProp;
            tc = new TableCell();
            tc.Controls.Add(txt);
            row.Cells.Add(tc);
            txt = new TextBox();
            txt.Enabled = false;
            txt.Text = est.materiaProp;
            tc = new TableCell();
            tc.Controls.Add(txt);
            row.Cells.Add(tc);
            
            CheckBox chkActu = new CheckBox();
            chkActu.ID = "chkActu_" + Guid.NewGuid().ToString();
            tc = new TableCell();
            tc.Controls.Add(chkActu);
            row.Cells.Add(tc);
            tabla_retorno.Rows.Add(row);
 
        }
        
        return tabla_retorno;
    }
  Y para encontrar tu checkbox  
Código:
  for (int i = 1; i < tbl.Rows.Count; i++)
        {
            CheckBox chkActu = (CheckBox)tbl.Rows[i].Cells[3].Controls[0];
            //tu código para validar el checkbox
        }
  Tomando en cuenta que se encuentra en la 3ra celda tu checkbox 
Salu2