No entiendo muy bien las ventajas que tendría hacer lo que pides. Creo que sería más fácil hacer dos includes que tratar de forzar la situación.
Los dos ejemplos que te pusieron arrriba, de todas maneras hacen las dos llamadas a la función.
Lo único que se me ocurre es que pongas el header en un <div> y el footer en otro <div> y los escribas de una sola llamada. Luego los posicionas desde css. Pero, como te dije, sería forzar algo que se soluciona más rápido con dos llamadas.
Saludos,