Que estén hechas en php o cualquier otro lenguaje del lado del servidor no es una "tendencia", es la única forma de hacerlo que existía hasta que MS "inventó" el objeto
XmlHTTPRequest, que es la base de AJAX.
El problema que tiene esta "nueva" tecnología (que de nueva nada, fue incluida en IE5) es la accesibilidad y usabilidad.
No todo el mundo navega con Javascript activado, así que de todas formas hay que programar una versión que haga el trabajo del lado del servidor. Tu me dirás "¿y para qué programar para esa poca cantidad de gente que no tiene JS activado?" y yo te diré que la gente que navega sin JS es más (bastante más) que la gente que navega desde un iPhone, y sin embargo últimamente todo el mundo parece interesado en que su sitio se vea en el iPhone.
AJAX tiene sus ventajas y desventajas, es una tecnología con la que recientemente mucha gente ha empezado a experimentar, así que se ven muchos "horrores" por ahí.
La principal desventaja es la imposibilidad de añadir la página a los marcadores (se añadirá pero no con el contenido que me interesa), el hecho de que el botón "atrás" no funcione, la imposibilidad de recargar la página dejando el mismo contenido, y otras cosas más.
No se recomienda bajo ningún concepto "jugar" con estas funciones del navegador, que son funciones básicas que SE ESPERA que funcionen.
Tomá como ejemplo este mismo foro: con javascript desactivado funciona perfectamente, pero además lo que se implementa con AJAX son características "auxiliares": karma, respuesta rápida, votar el tema.
Una aplicación web es obviamente un tema distinto, ya que lo que importa no es tanto el contenido como la funcionalidad. Y la funcionalidad muchas veces no se puede programar solo del lado del servidor, toma por ejemplo a meebo o a los google docs: no podrías poner un texto en negrita o auto-guardarlo sin molestar al usuario con una regarga completa.
En fin, que este tema se discute mucho, hay quienes piensan que es importante ofrecer alternativas accesibles y hay quienes piensan que todo el mundo navega con el mismo navegador y con banda ancha. Ojalá te haya servido mi opinión, y ojalá también aparezca alguna otra persona a escribir la suya.
Saludos.