Puedes usar el famoso gestor Mysql
phpMyAdmin .. es un script en PHP (lo suelen usar mucho los servicios de hosting para q administres tu Mysql via web ..).
Ese gestor te permite ejecutar consultas y trabajar con los registros q tengas en esas Base de datos/tablas .. La creación de Base de datos/tablas es mas o menos visual .. a base de formularios generas tus tablas y campos de las mismas con sus propiedades .. Pero no puedes ir "pintando" tablas estableciendo claves foraneas (llaves) ni por el estilo .. tampoco generar consultas via "asistente" como lo haces en Acces por ejemplo ...
De todas formas .. si tienes $$$$ existen algunas aplicaciones para diseñar/administrar base de datos Mysql con todas las ventajas de "asistentes" tipo "Access". Con asistentes de Consultas SQL, "pintar" las tablas en modo visual y establecer relaciones (claves foraneas) entre tablas .. etc.
Por si quieres probarlos (por 30 dias) hechale un vistazo:
Mysql Studio Mysql Manager
Ambos son muy buenos .. a destacar las opciones de importar/exportar tanto datos como la estructura de las base de dtos y su asistente SQL (seleccionado los campos q intervengan y los criterios q decidas para realizar la consulta -> generacion SQL + posibilidad de testear el modelo de datos al momento).
Un saludo,