Para remover los saltos de linea puedes probar:
Código PHP:
$string = trim($contenidoDelTXT);
$string = str_replace("\n", "", $string);
$string = str_replace("\r", "", $string);
Sino, puedes tirar el contenido del txt a un array y contar las lineas que quieras:
Código PHP:
$contents = file("domainlist.txt");
foreach($contents as $line)
{
//Si es vacia, no la cuentas...
}