Gestor de versiones upload archivos php

[CeRo_ByTe]

Hola, muy buenas a todos.

Tengo una duda en un sistema que estoy haciendo para publicar archivos en internet.

Utilizo un sistema de upload de archivos donde el usuario selecciona el archivo de su disco duro y lo carga en el host.

Hasta aquí todo correcto.

Pero si lo que quiero hacer es un gestor de versiones de archivos, todo cambia y aquí es donde vienen mis dudas.

Un usuario sube un archivo, y al poco tiempo desea modificarlo porque se acuerda de que ese archivo tenia errores.... se baja el archivo del servidor, lo retoca y lo vuelve a subir mediante el upload de archivos php.

Mi pregunta es... ¿Cómo lo haríais vosotros para detectar que ese archivo ya existe en el servidor?

Yo he pensado varias soluciones:
1) Si el sistema detecta que el archivo ya existe, lo mueve a una carpeta llamada "Backup" por ejemplo.
2) Le cambia el nombre al archivo nuevo que sube al servidor...

Dadme ideas porfavor, ya que este upload forma parte de un proyecto final de carrera y me he quedado estancado ahí.

Un saludo y gracias de antemano.