Hola
Mira, prueba esto:
-Formatea el disco duro a FAT32
-Luego inicia la PC con un disco de Inicio de Windows98 o MSDOS 6.22 en adelante
-Asegurate de que en el disco de inicio o de MS-DOS este el archivo fdisk.exe
-Cuando salga el promt del sistema que debe ser A:\> copias el archivo fdisk.exe de A para C, es decir, pones copy a:\fdisk.exe c:\ y das enter
-Luego cambias para la unidad C, es decir C: y enter, y escribes fdisk /mbr y le das enter
Cuando hayas hecho esto, puedes particionar y formatear el disco a tu gusto, y luego intenta de nuevo instalar el sistema desde el CD.