Que tal, yo tenia ese mismo problema para intentar guardar calificaciones, debia utilizar la variable control para ingresar la nota1 al estudiante1, en el formulario le daba los nombres de esta manera:
Código PHP:
<input name='" . "nota_" . $nro ."' type='text'>
<input name='" . "estudiante_" . $nro ."' type='text'>
y para recogerla hacia lo mismo:
Código PHP:
$nota=$_POST['nota_' . $i];
$id=$_POST['estudiante_' . $i];
y luego:
Código PHP:
INSERT INTO NOTAS(ID,NOTA) VALUES('$id','$nota')
todo eso dentro de un bucle for hasta el numero de estudiantes.
En tu caso debes hacerlo de la misma manera, concatena las cadenas como te lo dijo
jam1138 y vas a solucionarlo.
Mucha suerte.