prueba a si:
Código PHP:
$ciudades = explode(" " , $ciudades);
foreach ($ciudades as $ciudad) {
echo '
<div class="capa">'.$ciudad.'<br>/n</div>'; //aqui le das un salto de linea a cada elemento del array
}
si te sirve esto ultimo, igual al primer codigo que posteaste tambien le valdria.
Un saludo