Esta bién lo que comenta josofol, pero creo que se complica un poco.
Yo crearia en la base de datos un campo llamado activar, y le pondria un valor a 0, como indica josofol, y enviaria un correo al usuario con el siguiente formato.
http://www.miweb.com/?act=456
El numero del final sería el id del usuario, con lo cual en mi pagina index del dominio, capturo por get, el id act del usuario.
Y tan solo tendria que realizar un UPDATE en la base ede datos, y pondria el campo activar del usuario 456 a 1. Y aí no tendría que recorrer toda la tabla o también evitaria la posibilidad de que se registraran varios usarios y que todavia no tengan los correos activados.
Saludos