Sobre gustos hay demasiado escrito: yo cargo a medida que necesito.
Los scripts ubicados en páginas externas, al igual que cualquier otra fuente externa (css, img, swf, etc) siempre recargan desde la caché a menos que indiques lo contrario (generalmente, durante el desarrollo o el debug evito la caché agregando el tiempo de creación del archivo en la url, después lo quito, aunque no es necesario). Esto es lo que hago para evitar la chaché cuando trabajo en php:
Código PHP:
<script src="algo.js?<?php echo filemtime('algo.js') ?>"></script>