Hola Jagomi,
Yo también estoy desarrollando una aplicacion para validacion del eDNI. Se que hay distincion entre los certificados de servidor y cliente, y dentro de los de cliente, están los de validacion y firma. Asegurate de que los certificados que muestras son todos y la lista no está filtrada.
Sobre el tema del certificado de servidor, en la seccion de certificados de servidor solo deja insertar un certificado. De todas formas no se que version del IIS tienes, pero la pantalla de seleccion del certificado de servidor es diferente en la version 5.1 y la version 6.0.
Aprovecho para preguntarse si es posible validar el eDNI sin tener instalado un certificado de servidor. Es decir, poder ver los certificados de cliente sin tener SSL.
De todas formas te dejo mi correo:
[email protected]. Igual podemos ayudarnos mutuamente al ver la poca información que existe en la red.
No se si todo esto te sirve de ayuda, yo me estoy volviendo loco con tanta configuración.
Un saludo.