Veo muchas cosas en el código que estás haciendo mal. No obstante, respondiendo a tu pregunta:
Código:
Private Sub Command1_Click()
List2.AddItem Text1.Text 'AGREGO A LA LISTA
Text1.Text = "" 'LIMPIO TEXTBOX
List2.AddItem List2
If List2.ListIndex = -1 Then Exit Sub
List2.RemoveItem List2.ListIndex
'If List3.ListIndex = -1 Then Exit Sub
'List3.RemoveItem List3.ListIndex
Call GuardarArchivo
End Sub
Estás saliendo del procedimiento sin guardar el archivo, la solución podría ser así:
Código:
Private Sub Command1_Click()
List2.AddItem Text1.Text 'AGREGO A LA LISTA
Text1.Text = "" 'LIMPIO TEXTBOX
List2.AddItem List2
If List2.ListIndex = -1 Then List2.RemoveItem List2.ListIndex
Call GuardarArchivo
End Sub