No... estas perdiendo la relación.
Código PHP:
$nombre_archivo=$_FILES['este_es_el_nombre_del_arreglo']['name']['este_es_el_indice'];
Código HTML:
<input type="loquesea" name="este_es_el_nombre_del_arreglo[este_es_el_indice]" />
Varia el índice, no el nombre del arreglo. Repito, puedes establecer ese índice directamente.
