Sebas22:
Según me parece, no hay error alguno en el modo en que haces el eval. Considera el siguiente código. Es una variación pequeña del tuyo para evaluar los objetos.
Código:
<script>
function evaluar1(radioelegido){
var obj=new Array();
arreglo=radioelegido.split(",");
for(j=0; j<arreglo.length; j++){
obj[j]=eval("document.form1." + arreglo[j]);
alert(obj[j][0].name);
}
}
</script>
<body onload="evaluar1('hola,nada,test,sigue,pues')">
<form name=form1>
<input type=radio name=hola>hola1
<input type=radio name=hola>hola2
<input type=radio name=hola>hola3
<br>
<input type=radio name=nada>nada1
<input type=radio name=nada>nada2
<input type=radio name=nada>nada3
<br>
<input type=radio name=test>test1
<input type=radio name=test>test2
<input type=radio name=test>test3
<br>
<input type=radio name=sigue>sigue1
<input type=radio name=sigue>sigue2
<input type=radio name=sigue>sigue3
<br>
<input type=radio name=pues>pues1
<input type=radio name=pues>pues2
<input type=radio name=pues>pues3
</form>
</body>
</html>
Si hubiese un error en el eval, el array obj tendría null o undefined en cada una de sus elementos. Pero como puedes ver, almacena correctamente una referencia a cada radio en el formulario, ya que puedo acceder a la propiedad name.
Creo que debes pegar el resto de tu código, para poder buscar el error. Aquí no está.
Saludos.