No hagas nunca "../", ahí es donde te pierdes.
Busca en google "3 capas y problemas con subdirectorios".
Sugerencia: crea un archivo configuracion.php en la raiz, y luego en cada subdirectorio un "falso" configuracion.php que solo incluye el de la raiz con "../configuracion.php", y obliga a que todo php incluya de forma genérica su configuracion.php.
De esta forma, como tu incluyes según donde estés parado, y esto se define según se inicie la primer invocación. Cuando no estés en la raiz, incluirás el configuracion.php falso que te lleva nuevamente a la raiz, fijando siempre el mismo punto de referencia.
A partir de ahí crea constantes que te ubiquen sin dudas la ruta a tus archivos.
Espero que se entienda la explicación
