No te va a
penalizar por eso. Todos hemos cambiado las URLs más de una vez.
En tu lugar intentaría solucionarlo reescribiendo las URLs, si no puedes aplca los redireccionamientos 301 hacia las nuevas URLs y por último actualiza el sitemap si tienes.
Hablar de una penalización es un tanto exagerado, puede que caigas algunas posiciones pero seguramente será temporal ya que cuando GG indexe las nuevas categorías va a volver todo a la normalidad. No te desesperes porque te repito, "puede" que caigas unas posiciones, tal vez siga todo igual... éxitos
