Al final para que me funcionara lo hice asi:
Código:
$art = mysql_query("SELECT s.nombre AS s, c.nombre AS c, COUNT(a.id_articulo) AS t
FROM cv_secciones s, cv_categorias c, cv_articulos a
WHERE s.id_seccion=c.id_categoria GROUP BY s.nombre") or die(mysql_error());
while($row = mysql_fetch_assoc($art)) {
$seccion = $row['s'];
$categoria = $row['c'];
$total = $row['t'];
echo $seccion . " > " . $categoria ." > " . $total;
}