Según entendí tienes un archivo por cada empleado con la siguiente información:
 
Código:
  
NOMBRE DE PROYECTO ------- HH trabajadas
Proyecto1 ---------------------- 5
Proyecto2 ----------------------- 10
Proyecto3 ----------------------- 0
Proyecto4 ----------------------- 8
.. 
.. 
Proyecto x ---------------------- 22
  Y quieres ir abriendo cada archivo y copiar los datos en un solo archivo con el siguiente formato: 
Código:
  
Numero de empleado Proyecto1 Proyecto2 Proyecto3 Proyecto4 ..Proyecto x
xxx1 ........................... 5...............10............0................8................ 22
xxx2 
xxx3 
xxx4 
.. 
.. 
xxxn
  Pues bien es fácil, para abrir un archivo colocas lo siguiente 
Código:
  
Dim File As WorkBook
Set File = Application.Workbooks.Open("C:\empleado001.xls")
  Puedes hacer un bucle For que recorra y abra todos los archivos.
Luego recoge los datos del archivo con Range y lo pasas al nuevo archivo(libro) así: 
Código:
  
Dim newBook As WorkBook
Set newBook = Application.Workbooks.Add
  Nuevamente con Range pasas los datos... 
Espero no haberte confundido. Cualquier duda puedes preguntar. Saludos