ya lo hice lo dejo por si a alguien le sirve
Código PHP:
<?
$rut = "123456789";
$cuenta = strlen($rut);
if ($cuenta == 9) {
for($x=0;$x<9;$x++){
echo $rut[$x];
if ($x==1 || $x==4){ echo "."; }
if ($x==7){ echo "-"; }
}
} else {
for($x=0;$x<8;$x++){
echo $rut[$x]; if ($x==0 || $x==3){ echo "."; }
if ($x==6){ echo "-"; }
}
}
?>