Puedes hacerlo via IMAP o POP en conjunto con funciones SMPT ..
La funcion mail() es equivalente a usar un SMTP .. aunque tal vez seria bueno conectar directamente por Socketes al SMTP que evias mail .. así tendrias mas control sobre como fue el envio de e-mail ...
En cuanto a IMAP o POP (o ambos) dependerá de tu servidor de correo o cuentas de correo que quieras acceder si soportan IMAP/POP (alguna o ambas).
Si quieres ver las funciones de PHP sobre IMAP, POP y NNTP (
http://us.php.net/manual/en/ref.imap.php
Tambien puedes tomar como ejemplo algun "webmail" ya implementado:
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...b-based_Email/
o Usar algunas "classes" (objetos) básicos para conectar a un SMTP y enviar mail ..o a una cuenta POP y descargar e-mail (gestionarlo ..) y a partir de ahi . con esa base te haces tu "web-mail" interface:
http://phpclasses.websapp.com/browse.html/class/2.html
Un saludo,