Sí, claro. Tienes que estudiarte un poco más el código para intentar entender lo que hace, que es como podrás aprender, no sólo aplicarlo:
cada botón del primer nivel está hecho con un "li"
<li class="nivel1" tabindex="1"><span class="nivel1">Opción 1</span>
Si esto lo dejamos así, IE no puede actuar sobre estas opciones, porque sólo puede hacerlo sobre los elementos "a".
Por eso, lo que hacemos es ocultar esas opciones para IE y volvemos a dibujar las suyas propias:
<!--[if IE]><a href="#" class="nivel1ie">Opción 1<table class="falsa"><tr><td><![endif]-->
De manera que IE pueda actuar sobre ellas. Entonces, cuando ves el menú con IE ¿tú qué estás viendo?: las opciones que hemos dibujado sólo para IE. De esa manera, si quieres cambiar los nombres y los enlaces tendrás que hacerlo en los dos sitios; uno para IE y el otro para el resto de navegadores.
De todas maneras, prueba cosas y cámbialo todo sin miedo a romper nada. Una buena práctica que yo sigo es: cada vez que voy a hacer un cambio, hago una copia del archivo, así, toco todo sin miedo, de manera que si al final se me hace un desastre, borro eso y cojo la copia anterior sin modificar, así nunca tengo miedo a toquitear todo y probar montones de cosas.
En realidad las personas somos como lo monos: nuestra forma de aprender es tocar algo y ver lo que ocurre; si no era lo que esperaba, un paso atrás y a tocar otra cosa
Mikel.
P.D.: la primera línea que has puesto, <!--[if IE]><style>#menu ul li span.nivel1 {display: none;}</style><![endif]--> no hace falta tocarla.