¿Y si pones las rutas completas? Puedes definir una variable con el servidor o la ruta y usarla en todos los enlaces. Por ejemplo:
<?
$raiz = "/var/home/naguissa";
include( $raiz."/miarchivo.php");
?>
o de manera análoga para los enlaces:
<? $servidor = "http://www.naguissa.com"; ?>
<a href="<?= $servidor ?>/pag1.php">....
Así, cambiando $raiz y $servidor puedes cambiar la aplicación de dominio.