El IVA no te lo "quitan", tu se lo has cobrado a tu cliente. Y lo mismo tus proveedores te lo han cobrado a ti. Tu luego tienes que hacer cuentas con hacienda y pagar el resultado de IVA que has cobrado menos el IVA que has pagado.
Ese 20% a hacienda supongo que te refieres al IRPF. Cuando eres asalariado tambien lo pagas.
Lo mismo con el otro gran gasto del autonomo, la seguridad social (250€ mensuales, ganes lo que ganes). Eso como asalariado tambien se paga.
Lo que no entiendo es esta pregunta
Cita: y como demonios te sale rentable eso?
Pues de la misma forma que un negocio fisico: los hay que no son rentables. Estos mismos impuestos pagan todos los negocios, el bar, el albañil, etc. Todo el mundo tiene gastos, tiene que pagar impuestos, tiene que pagar a la seguridad social. Tanto autonomos como SL o SA (en lugar de IRPF estas tienen el Impuesto de sociedades que anda por el 30%). No montarias un bar si no piensas ingresar mas que los gastos (impuestos incluidos).
Quizas es que las leyes no estan pensadas para negocios con una facturacion de 50 euros mensuales o menos (caso de muchos webmasters con adsense, por eso se hace tanto en negro). O quizas eso no se puede considerar negocio. Creo que el gobierno deberia modernizarse y darse cuenta que la tecnologia a puesto a disposicion de la gente formas de ganar dinero que no encajan con el modelo dispuesto por las leyes actuales.