Pienso que este problema se te presenta porque estás tratando de instalar Joomla en el root principal en donde en ese mismo root o carpeta ya tienes instalado otro scritp.
Yo te recomendaría que ingresaras al root principal de tu sitio web [en donde tienes guardado los archivos de tu web principal] y crearas allí una carpeta llamada Joomla, y luego dentro de ésta copia [a través de un cliente FTP] todos los archivos y carpetas de Joomla que te puedes descargar desde
www.joomla.org
Luego, una vez que tengas todo esto listo sólo tienes que llamar a esa carpeta:
www.tudominio.com/joomla/index.php
Y luego comenzará la instalación automática de Joomla. Si todavía sigues teniendo problemas postéala para ver en qué más puedo ayudar.