Hola Silvina,
Creo que sería más fácil orientarte si publicas más información, como por ejemplo la plataforma de hosting que usas (Windows, Linux, etc), el tipo de permisos que le pones a los archivos, el tipo de archivos que componen tus sitios, entre otros detalles.
Es posible que, por ejemplo, estés integrando a tu sitio código Javascript vulnerable, o que alguien esté inyectando código en tu sitio a través de alguna otra vulnerabilidad.
Por ejemplo a veces los diseñadores incluyen algunos scripts gratuitos de estadísticas o contadores o algo por el estilo, y a través de allí se infiltra una gran cantidad de basura o código malicioso.
También te recomiendo que corras un buen software antivirus en línea, para descartar que en realidad la amenaza esté instalada en tu propio computador. Por ejemplo:
http://www.pandasecurity.com
Análisis online gratuito
Saludos,