Hola darioio.. lo que tienes que hacer es una matriz de checkbox, alog asi:
Código PHP:
echo '<input type="checkbox" name="ids[]" value="1">';
echo '<input type="checkbox" name="ids[]" value="2">';
echo '<input type="checkbox" name="ids[]" value="3">';
echo '<input type="checkbox" name="ids[]" value="4">';
....
luego en la pagina donde esta el script para actualizar recorres la matriz (con un "for" o "while") y le das la sentencia necesario para actualizar los registros
espero te sirva...
Saludos