time() te da el tiempo en formato de
TIEMPO UNIX, es decir, te da el número de segundos (transcurridos desde 1970)
La fecha debes pasarla a este formato para que sean los dos iguales.
Código PHP:
$tiempoIni = "2008-06-24 21:27:00";
$tiempoIni = strtotime($tiempoIni);
$timeAhora = time();
$queda = $tiempoIni - $timeAhora;
echo "Quedan ".$queda." segundos;