En efecto ese es el problema porque cuando cambio el LAST_INSERT_ID() por un codigo de pregunta los inserta todos sin nigun inconveniente. Las tablas son tbl_pregunta, tbl_item_responde y tbl_pregunta_item_responde, esta ultima es un rompimiento entre las otras dos, es decir se ingresa la informacion en tbl_pregunta y se relaciona en tbl_pregunta_item_responde con la información del select anidado. te dejo una imagen para que lo comprendas mejor:
De antemano gracias.