Si el numero de directorios intermedios (dir1, dir2, dir3, ...) no está determinado, creo que lo mejor es cambiar el orden de las reglas. Ahora no funciona porque tu segunda regla es un subconjunto de la primera, es decir que la primera se cumple siempre, y al tener el modificador [L] pues ya no sigue mirando más reglas.
Es decir, prueba con:
Código:
RewriteEngine On
RewriteRule ^(.+)documento\.html$ documento.html [L]
RewriteRule ^([^/]*)\.html$ /detalle.php?id=$1 [L]
Pero OJO que con ésto la segunda regla funcionará para todos las URLS expecto para aquellas que terminen en "documento.html", pues habrán sido tratados por la regla primera. Estudia si es lo que quieres o no.