En primer lugar pedir disculpar por no haber puesto el post en el canal que tocaba. Así que gracias Javier por moverlo
Y Hector, gracias por tu ayuda. La verdad es q eso q comentas es lo que yo creo, vamos que si los contenidos están en el código (HTML) a pelo y simplemente hacen se referencia a la librería a través de una clase concreta para llamar a las funciones no debería de haber ningún problema. De hecho si vemos la página sin css ni js podemos ver perfectamente el contenido entre las etiquetas que corresponde.
En ese sentido creo q no hay problema en usar JS para presentar contenidos usando estas librerías (mootools, jquery, prototype...) Pero si alguien tiene otra opinión, por favor no dude en compartirla.
En fin, que muchas gracias por vuestro interés.
Un saludo!!