1. Netbeans trae Tomcat 6.0.x
Puedes chequear esto en Menu > Windows > Services > Server
2. Creas el proyecto desde Cero en: File > New Project > Choose Project > Web
Esto te crea todo los directorios necesarios para tu proyecto.
3. Te sugiero que uses el Tomcat que trae Netbeans ya que así tendrás más facilidad a la hora de depurar tu web.
4. Toda tu aplicacion será guardada en el Directorio de proyectos NetBeans que seteastes al instalar la aplicación...
Cada proyecto tiene su carpeta dentro de la carpeta
NetBeansProjects, en ella tendras otras carpetas como:
web = Toda tu estructura WEB
build = Tu carpeta con tu aplicacion ya compilada (Esta es la que usa TOMCAT en tiempo de ejecución).
src = Todo tu codigo fuente sin compilar.
dist = Tu aplicacion lisa para distribuir
OJO, te sugiero dar lectura al funcionamiento de TOMCAT también llamado
CONTENEDOR Servlet, para que puedas entender y usar los diferentes frameworks (SON MUCHOS) y otras herramientas. Cada framework tienen su propia filosofía y también su propia configuración. Hay diferentes tutoriales de TOMCAT en la web...
Googlea y encontraras
El mundo
JAVA es muy extenso, y por experiencia propia te digo que vas a conseguir muchos tutoriales de frameworks, si eres de los que te gusta crear tu propio código, debes buscarte tutoriales sobre
JAVA "
PURO". Si eres de lo que busca programar rápidamente y usar frameworks de 3ros, vas a conseguir un monton de tutoriales en la web.
Espero que esto ayude en algo y aprovecho para decirte que yo también soy nuevo como tú, sólo tengo 3 meses estudiando JAVA y te digo que es EXTREMADAMENTE ROBUSTO, pero tienes que invertir mucho tiempo en aprendisaje para poder manejarlo como es debido. Aunque programo en varios lenguajes desde hace más de 5 años, te digo que JAVA es otro nivel.
Saludos