Hola,
 
Hay varias respuestas sobre esto en el foro, pero te doy alguna idea y nos cuentas: 
tu swf:
1. colocalo en un div con z-index:0;
2. con este código tienes que linkear en el header el .js que genera dreamweaver, si no, no te va a correr y
Cambia el alto y ancho por tus valores donde haga falta.  
 Código PHP:
    
<script type="text/javascript">
AC_FL_RunContent( 'codebase','http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,19,0','width','450','height','350','align','right','src','tuswf','quality','high','pluginspage','http://www.macromedia.com/go/getflashplayer','scale','exactfit','wmode','transparent','movie','tuswf' ); //end AC code
            </script>
            <noscript>
                <object type="application/x-shockwave-flash" data="tuswf.swf" width="450" height="350">
                    <param name="movie" value="tuswf.swf" />
                    <img src="ruta para imagen, si el swf no se carga" width="450" height="350" alt="texto alt"/>
                </object>
            </noscript> 
   
  Y el div que debe ir sobre el swf con z-index:1; o 100 
Saludos,