Si lo quieres dejar en el mismo servidor web, ¿ Para que quieres el FTP ?
Una posibilidad es que programes un cron para que por ejemplo una vez cada quince dias (o con la periodicidad que quieras) se lance una simple shell que lo haga.
Ejemplo:
Código:
#!/usr/bin/bash
cd $HOME
# Si quieres mantener varios backups, puedes hacer que el nombre del fichero
# sea variable en funcion de la fecha
tar -cf mibackup.tar.gz --gzip *