Prueba esto:
Código PHP:
$ydata = array();
$xdata = array();
$fh = fopen('datos.csv', 'r');
while ($data = fgetcsv($fh, 1024, ';')) {
var_dump( $data );
$ydata[] = (float)$data[2];
$xdata[] = $data[0];
}
Así podrás ver que datos tienes en $data.
Saludos.