No hay ningún inconveniente en instalar programas en la partición D, se acostumbra tener una partición para el sistema operativo/software y otra partición para guardar la información, así en caso de formateo solo se formatea la partición que contiene el S.O. y el software y no se toca la partición donde guardas tu información.
En resumen, no hay problema si instalas el software en D.
Saludos
