Bien. A mi entender el asunto es el siguiente: aunque no fuera un enlace que llamara a la misma página, aunque uses siempre el mismo menú como include, al cargar una nueva página el menú se volverá a incluir y se cargará de nuevo, por lo que siempre perderá los cambios que hayas podido hacer sobre él, de manera que no tienes más remedio que actuar de alguna forma sobre el nuevo menú cargado.
Este es un asunto que hemos tratado un par de veces, casualmente una de ellas hoy mismo. El truco es asignar a cada nueva página un id al body, y cambiar el estado de un botón y su submenú según el id del body mediante css.
Este es el hilo donde hemos tratado eso hoy mismo, a ver si el ejemplo te sirve de orientación para lo que te explico y lo que quieres hacer.
Mikel.