Tenes un gran problema, ya que en cobol, se pueden crear tipos de archivos secuenciales o indexados.
Ahora, cobol es un lenguaje de programación, o sea, nada que ver con compararlo a una Base de Datos. La estructura de archivos que utiliza es jerárquica, en otras palabras, NO es una Base de Datos Relacional.
Aclarado esto, te digo que la forma más sencilla, fácil y funcional al 100%, es crearte en tu código un campo PIC X (LARGO) y lo redefines en los campos que necesites convertir. Por cada campo, te recomiendo meter el caracter TAB. La salida de esa línea, va a ser a otro archivo y de esa forma tendrías todos tus datos para incluirlos en cualquier tabla de MySQL que tenga la misma estructura que la del archivo creado en COBOL.
Luego, solo lee lo siguiente para agregarlos a tu tabla:
13.2.5. Sintaxis de LOAD DATA INFILE