A ver muchachos, intentaré aclarar un poco el tema. Primero con el meta robots:
<meta name="robots" content="index,follow" /> Este hace que indexe la página y siga los links, en realidad si no coloco nada esto es lo que hace el buscador por defecto.
<meta name="robots" content="index,nofollow" /> Es hace que indexe la página pero no siga los links.
<meta name="robots" content="noindex,follow" />Este hace que no indexe la página pero si siga los links, recomendando para un mapa del Site.
<meta name="robots" content="noindex,nofollow" />Este hace que ni indexe la página ni siga los links.
Ahora pasemos al rel="nofollow". Esto se inició cuando los spammers comentaban mucho en los blogs y tenían sistemas que lo hacían sólo para conseguir más enlaces, comentando cosas sin ningún sentido. Entonces el rel="nofollow" hace que estos links no sean tomados por el buscador.
Sobre si los lee o no, es algo raro, yo por ejemplo comento en muchos sitos con rel="nofollow" y cuando estoy en Google Webmaster Tools muchos de esos enlaces si aparecen en mi listado, por lo que creo que si los lee y hasta los contabiliza, solo que no les da la debida importancia.
Sobre el uso del rel="nofollow", vi una entrevista bastante extensa a Matt Cuts donde dice que uno puede usar el rel="nofollow" como quiera dentro de su Site, que no hay restricciones y no va a ser penalizado.
Un uso adecuado es por ejemplo para distribuir mejor nuestro link juice. Sobre esto hay opiniones a favor y otras en contra, mas que todo por tema de ética, no porque no funcione.
Para aclarar el tema de link juice es un término que últimamente se viene usando el cual dice que muchas veces uno tiene un link juice importante (generalmente la página de inicio) y lo desperdicia enlazando páginas innecesarias para el buscador como Política de Privacidad, Contáctenos, entre otros, entonces el usar el rel="nofollow" nos permite no darle importancia a esas páginas y darle la debida importancia a las que si nos interesan.
Aquí un ejemplo:
Se hicieron pruebas hace unos meses en
www.seomoz.org sobre si google tomaba en cuenta solo el primer enlace o los 2. Los resultados salieron solo tomaba el primer enlace, es decir si mi primer enlace dice
más info y el segundo tiene
mi Keyword, va a tomar en cuenta el primero e ignorar el segundo (Aunque esto también está en discusión)
Entonces recomienda usar el rel="nofollow" en el primer enlace para que así tome en cuenta el segundo. Podría usarse también el rel="nofollow" para Política de privacidad, contáctenos y otras páginas que no nos interesa sean posicionadas.
Finalmente, sobre usarlo para enlazar una web penalizada, en realidad yo no me arriesgaría a enlazar una web de ese tipo, pero es cuestión de cada uno supongo.
Espero haber aclarado un poco el panorama y pos pa cualquier comentario o contestación por aquí estamos :D