No necesitas ningún javascript para transformar la coma en un punto en el INSERT, simplemente introduce el valor entre comillas.
Ejemplo:
En lugar de poner
Código PHP:
INSERT INTO tabla_de_precios (cifra) VALUES (20000,16); // Esto da error pq MySQL piensa que hay dos valores 20000 y 16
pon:
Código PHP:
INSERT INTO tabla_de_precios (cifra) VALUES ('20000,16'); // Esto NO da error pq MySQL interpreta que sólo hay un valor 20000,16
Saludos