Hola
PHP es un lenguaje del lado del servidor, y lo que hace es mostrar codigo HTML para visualizar la pagina en el navegador, el usuario nunca vera tu codigo PHP.
Un pequeño ejemplo
<?php
$variable1 = "hola";
$variable2 = "Mundo";
echo "<table>";
echo"<td>";
echo $variable1 . $variable2;
echo "</td>";
echo"</table>";
?>
como ves el codigo html esta embedido con el php, PHP trabaja y HTML muestra en pantalla
Y segundo, es que no se entiende bien tus dudas
Un saludo