1: La magia de php es que todo lo que va al browser es html... (porque ese es el lenguaje que traducen los browsers) el tema es que una pagina .php contiene variables y/o procesos que solo son producidos en tu servidor y una vez terminado todo esto, le pasa al usuario la pagina html.
Por otro lado tener una pagina .html y ponerle codigo php no funcionara porque como te dije anteriormente, estarias pasandole el resultado (pagina .html) al browser y eso tratara de entender en el cliente... a diferencia de hacerlo .php para que lo traduzca en el servidor.
2: Si por ej. necesitas mostrar una variable entre el html, debes mostrarlo justamente ahi. Si quieres sacar datos antes, lo muestras antes, y si quieres hacer un footer o algo asi... lo muestras despues.
El tema es que independiente de "en que lugar hagas tus codigos" la muestra con echo o print (comandos para enviar informacion al browser) debes hacerlo donde lo necesites y solo ahi.
Suerte!
