Aqui hay una buena guía de como hacerlo, con un programa llamado RealAnime 6, te dejo el link
http://tinyurl.com/6jlzms en el ejemplo se ve como un video de
350 MB AVI pasa a convertirse a
52 MB MP4 y casi ni se nota la diferencia, es muy simple y sin muchas opciones, pero temo que sea para videos con características específicas, como que lo dice el nombre del programa.
Saludos