Lo que pasa es que no haz entendido que PHP es un proceso en el servidor no en el cliente, por eso no puedes llamar a exec() desde un link <a>, es imposible, exec trabaja en el servidor y con archivos del servidor.
Si quieres llamar desde el link <a> debes de usar file://test.bat para ejecutarlo aunque seguramente te mandara una alerta de seguridad el explorador que uses.
Saludos.